駅名標。当駅には車庫が併設されているため当駅始発・終着列車が多数存在する。上野東京ライン・湘南新宿ラインで見かける「小金井行き」とは栃木県にある当駅のことである。東京都小金井市にある中央線の駅は「武蔵小金井駅」である。間違えると悲惨なため誤乗に注意したい。以前の駅名標。以前は隣の自治医大駅の英語表記は”Jichiidai”であったが、現在は外国人に分かりづらいとして”Jichi Medical University”に変更されている。駅舎。橋上駅舎であり、東北新幹線の高架下に駅舎がある。改札口。自動改札機は3通路設置されており、真ん中の改札機が幅広タイプとなっている。きっぷ売り場にはみどりの窓口があるほか、自動券売機が設置されている。ホームは2面4線。先述の通り当駅始発・終着列車が存在するほか、当駅以南で15両編成で運行される列車の一部が当駅で増解結を行い、当駅以北では10両ないしは5両編成で運行される。前述の通り当駅には車庫が併設されているが、それ以外に当駅構内には留置線が2線設けられている。当駅の駅前広場にはSLの動輪が展示されている。SLの動輪わきに設置されている碑。当駅周辺が鉄道とともに発展してきたことがわかる。建立は当駅がかつて立地していた栃木県下都賀郡国分寺町であり、現在は合併し下野市となり消滅している。なお、中央線武蔵小金井駅の隣駅は国分寺駅であり、東京都小金井市は国分寺市と隣接している。
